Alergija na česen vključuje imunski odziv na beljakovine v česnu, medtem ko pri intoleranci telo težko prebavlja določene snovi, kot so fruktani. Alergija lahko povzroči resne reakcije, intoleranca pa povzroča predvsem prebavne težave. Pravilna diagnoza in izogibanje česnu lahko izboljšata kakovost življenja.